Zotero 是大家耳熟能详的文献管理工具，一直因功能强大、免费开源广受喜爱。过去，我也一直使用 Zotero 管理文献。但受限于其早期版本比较简单的批注功能和笔记功能，之前我在读文献时，都会额外使用其它 PDF 阅读器和笔记软件。
去年，Zotero 6.0 版本加强了 PDF 文档标注和笔记编辑的功能，Better Notes、ZotCard 等插件的出现又进一步方便和丰富了笔记管理。经过一段时间的试用，我发现它已经具有一站式解决文献信息、PDF 文档和笔记需求的潜力。
这篇文章就和大家分享我在 Zotero 中建立笔记系统，统一管理文献和笔记的心得。
我的笔记工作流及痛点
先介绍一些背景。我是一名文科类的科研工作者，日常工作主要围绕着读论文和写论文展开：根据研究需要搜集文献，边阅读边思考相关研究问题，在想法基本成型后开始论文写作和修改。具体来说：
- 在一个研究项目早期，我习惯先通读重要文献，随后集中整理与这篇文章相关的笔记。
- 当项目不断推进，阅读和思考不断深入，我开始写一些综述性或论证观点的笔记，这些笔记通常要涉及多篇论文；阅读也以跳读或针对性重读某些章节为主。
在这整个过程中，涉及的文献数量通常很大，管理起来颇为麻烦，加上文献笔记高度依赖于原文，面临的最大的困难就是如何协同管理并联动使用这两者。
过去，我的工作流至少管理、阅读、笔记、写作共四个软件，需要来回切换。这倒不只是麻烦的问题，还涉及一些影响效果的实质困难。
- 难以整理批注。通读完文献后整理成完整笔记的过程，往往需要来回翻页寻找。特别是当文章较长时，不仅麻烦，还很容易有所遗漏。而且，有时我会担心自己理解不足甚至错误，因而希望在笔记中保留部分原文，以便之后核对，一条条复制粘贴的工作量也不小。因此，我特别希望阅读过程中做的批注可以更直接地提取到笔记中，方便我对这些材料进一步加工。
- 难以产生联动。理想情况下，我希望能从笔记一键回到相应的文献，反之亦然，方便核对或查阅上下文。如果文献和笔记分在两个软件中管理，就需要来回跳转并搜索。
总体来说，我阅读文献和写笔记的流程高度重叠和交织，因此会很期待两件事在一个软件中进行。这样，既可以避免反复切换、方便快捷，也更利于检索全面。
Zotero 6 经过升级的文献与笔记功能很好地解决了这些痛点。尽管它的笔记功能和其他专业软件相比仍然比较简单，不过基本的文本编辑、创建链接、导出等功能也算充分；至于缺少的更复杂链接或可视化功能，则不是我的必要需求。因此，我开始尝试将文献和笔记 all in Zotero。
如何联动文献和笔记管理
文献和笔记统一管理
在 Zotero 中做笔记最直接的便利，就是可以统一管理文献和笔记。
统一管理首先让查找变得更容易。如图 1 所示，在 Zotero 中，一个文献的 PDF 版本和直接关联的所有笔记，都汇总在同一条目下；只要找到文献条目，就既可以找到 PDF 又可以找到所有笔记。
从检索角度看，Zotero 可以按标题、作者、年份、期刊等排序和过滤（见图 2）。因此，当笔记也在同一个系统中管理时，同样可以通过这些信息辅助查询。
统一管理也能促进文献和笔记的有效互动。
一方面，这方便边读边写。图 3 展示了在 Zotero 中打开文档后的界面，注意到右侧可以直接显示出相关的笔记列表，选中即可跳转。
笔记分为针对整篇文献的「条目笔记」（红框内）和针对局部引文的注释笔记。这里推荐安装 Better Notes 插件，它可以设置笔记模板。
另一方面，从笔记也可以直接回到文献中去，甚至可以直接定位到具体页面。只需在做笔记时添加引用即可（如图 4 所示）。
上面所说的三点结合起来，就能使得文献和笔记在同一个软件中形成了有效的互动，既方便管理，又很好地避免了来回切换软件和多次搜索的麻烦。
一键汇总外部批注
文献大多是 PDF 格式，其原生的批注方式是高亮和评论。对此，Zotero 提供了直接从批注转换为笔记的功能。
无论是在 Zotero 内添加的批注还是另用其他 PDF 阅读器做的标注，都可以借助「通过注释添加条目笔记」功能，一次性抓取对这篇文章所做的所有标注（见图 5），并汇总成一篇独立的笔记。
前文提到，我精读的文章习惯是初读时在 PDF 上通过高亮和旁注做一些即时标记，之后再做整理，并写更深入的笔记。这一过程遇到的问题就是大量的批注来回寻找不仅麻烦，而且容易有所疏漏。有了 Zotero 后，抓取后生成的条目笔记就逐条陈列了各类批注，易找齐且无遗漏。
批注加工为笔记
Zotero 也提供了单条批注直接添加到笔记中的功能，在不通读论文的时候，我往往会使用这一功能。如下图 6—8 所示，高亮、截图或自己添加的批注都可以支持「添加笔记」。
加到笔记之后的效果如图 10 所示，默认会按照添加到笔记的顺序（并非在文档中的顺序）排列。除了免去自己复制粘贴的麻烦之外，原始的标注颜色也会保留，这样可以很清楚地通过不同颜色来区分引文对自己的意义。
更重要的是，添加进笔记的这些内容都会按引注规范，自动标明作者年份和页码信息。这一点对我来说尤其有价值。根据学术规范，论文中对待每一个观点或引用的来源都要非常谨慎。过去，我只能手动添加各种引用，而用上 Zotero 后可以自动添加，可以通过「在页面显示」功能一键回到原文，甚至可以直接复制到论文里使用，也绝不会有所遗漏。
综合「通过注释添加条目笔记」和「添加笔记」功能，我实现了联动阅读时的批注和后续的笔记整理，更好地实现了阅读和写作的互动。
进一步优化：ZotCard 和 Better Notes 插件
不过，上面提到的场景还只是文献和笔记「一对一」联动的情况。实际研究和写作中，也常有许多跨越单篇文献做笔记的需求，而 Zotero 目前对这些笔记的管理并不友好。
从图 12 可以看到，Zotero 笔记库的管理功能还是相当粗糙的，几乎就是根据编辑时间依次陈列，也无法单独对笔记做其他操作。
好在，Zotero 具有开放的插件生态，可以通过第三方插件来完善使用体验。这里，我想重点推荐 ZotCard 和 Better Notes 这两个插件，它们提供了笔记关系可视化的初步方案。