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文章代表作者个人观点，少数派仅对标题和排版略作修改。

问题点

我是一名在日本留学的在读文科博士，现在正在奋战最后的毕业论文。作为一名文科博士，我的工作就是不断的阅读文献，整理读书笔记，树梳理自己知识体系，并在最后作为论文进行输出。

在这个过程中，一直伴随着一些痛点。譬如：

1. 书籍电子化的困难

出于版权保护意识，日本的书籍电子化进展缓慢，想看的书籍只能去图书馆借阅或者自己掏腰包购买纸质版。在日本书籍价格高昂，这意味着钱袋越来越瘪，而书架每天面临着被撑爆的危险。

近来 国立国会图书馆 倒是也渐渐数字化了一些已经过了版权保护期的资料，不过这些书籍也是图片格式，并不是文字版的，想直接构建一个自己的可检索的数字化文献档案还是很难。

也罢，纸质版就纸质版吧，翻着书页纸张至少可以安慰自己有读书的感觉，只要读书时自己做电子化的笔记就可以检索了。可问题是，写论文时，对于引用的原文还是要找到原书逐字核对，这可就苦了，尤其是初期的笔记做得太简略，连页码都没标，因此常常为了核对一条引用典出要翻上半天书……

2. 脑容量的不足

随着年龄的增长，发际线不断上移而脑容量却越来越不足。一本曾经花大力气啃过的日文书，可能再次翻到时，已经忘记其中大部分内容，甚至已经忘记自己曾经读过这个东西。

这时可能大家都能想到要做笔记。我也曾做过以下尝试：

• 手写笔记。→然后笔记和纸质书们一起，被埋葬在它们的巨大坟场（我的书架）里，只能接受我的瞻仰。想到某本书的内容时，与其找笔记，不如找到原书来重新看一遍更痛快些。。
• 用 Goodnotes 5 在 ipad 上做笔记。→这一次笔记确实不会在书架上吃灰了，但它们好像换了一个更为隐秘的墓地，连瞻仰都瞻仰不到了，于是遗忘来得更早了一些……
• 用 Evernote，One note 做笔记。→这确实是我在升级笔记系统前的最佳选择了。虽然做过的笔记还是会被遗忘在某处……

就这个问题，我也请教过很多身边的同行，我问他们在用什么方法做笔记。W 博士和 G 博士告诉我，她们用 Macrosoft Word 做笔记。X 博士告诉我他坚信只有手写才能加深记忆。而 M 博士则说，他只相信自己的大脑，直接记忆在大脑里检索最容易。我……我只能膜拜。

3. 写作的困难

这大概是最痛的痛点了。因为博士论文写不出来，多少人在苦苦挣扎。我想这除了之前的阅读、笔记做不足，自身才智不足等原因之外，写作工具也是一个重大的问题。写篇短文，什么工具都不在话下，而动辄数十万字的博士论文，只用一个 word 文档从头写到尾，这无疑是反人性的操作。

总结下来，无非是在研究过程中出现了文献阅读、资料管理、笔记整理、论文写作这几个全方位的小问题而已……

而这个问题之所以普遍地存在于我身边的文科博士们的工作中，这也许是因为我的博士朋友们专注于人类社会本质性问题的探索，将大部分时间精力用于本专业的阅读和高度抽象思考中，不愿意浪费时间游手好闲于本职之外的琐事上。也可能很多人像我一样感受到工具不称手的痛点，但是苦于没有好的解决办法，看到庞杂的软件应用甚至各种编程语言，心生畏惧，因此不得已地凑合着过。又或许，出于一种对人类自由精神的尊重，和对与天地精神独往来的超越性追求，人们对于工具化、生产线式的系统化、量产化这种人类的 「异化」 有一种本能的抵抗。

作为 21 世纪的好青年（ 一名写不出论文逃避本职工作的老博士 ），我一直在想办法利用人类发明的伟大科技来解决这些问题。幸而 2020 年因为疫情天天宅在家里，可以在读书写作之余，有时间逛逛 youtube、少数派，也发现和尝试了许多工具来改善工作流。参考诸多经验分享，经过一年的调试和改善，去芜存菁，我终于打通了自己的工作流，目前运作流畅。我将自己的工作流分享给了身边的朋友，但每次重述还是太花时间，因此打算把自己探索出的解决过程写下来，方便一些与我有共同困境的人。

工作流的构想

我设想的工作流应该是这样：

• 工作流从阅读材料的电子化管理开始，新的材料扫描成电子版后，进入我的个人图书馆管理系统进行 OCR 识别成文字版，进行分类保存。
• 近期需要读的材料从个人图书馆管理系统取出，暂存入借阅站（这一功能云盘就可以担当，我使用的是 Dropbox），方便在各个平台（ipad，电纸书，电脑）进行阅读。
• 第一遍阅读将重点进行高亮标记，传回管理系统的待整理区，等待下一步处理。
• 接下来在电脑上做笔记。打开读过一遍的 pdf，同时打开笔记软件。对材料进行第二遍阅读和整理，只看标注过的地方，用自己的语言整理笔记。遇到重点或者想要日后引用的部分，应该能将 pdf 页面链接到笔记中，日后查阅时点击链接就能回到原文。
• 整理好笔记的 pdf 材料可以回到图书馆管理系统的保存区进行存档。
• 不断循环重复上述步骤，读很多书，积攒很多读书笔记。
• 接下来就是在笔记系统里玩耍，随机回顾做好的笔记，如果有新的发现可以添加卡片式笔记贴到读书笔记里，对自己的想法和书中的想法进行区分。而且相关的笔记之间应该可以进行链接，容纳我的发散式思维。
• 笔记变多了，应该能成为一个知识网络，最好能够直观地把知识网络地图提供出来。
• 最后一步是知识输出。有了新发现就可以进行写作了。这时需要方面地找到相关的笔记和参考资料，基于已有的卡片笔记梳理大纲。短文写作可以一气呵成，但长文每次可能只能写出一个小节，那么需要一个可以以小节为单位的写作工具，并且提供整体的大纲视图且能方便地随时调整大纲顺序，最后简单地合成一整篇文章。

理想很丰满，剩下的就是找到趁手的工具来完成上述构想。可以看出，我的工作流程中最核心的就是管理系统和笔记系统。恰好，2020 年是一个笔记工具革新的年份，市场上出现了许多可供挑选的工具。经过多方尝试，我选定了以下的工具来承担工作流的执行任务。

工作流的实现  

DEVONthink：知识管理的起点和终点

市面上的管理工具很多，但是能同时完成管理、查询、OCR、提供 pdf 页面链接功能，而且一次付费终身使用的全能工具可能只有 DEVONthink 了。DEVONthink 是一个德国的老牌应用，下载和购买要去它的 官网 。

DEVONthink 的功能齐全且复杂，要学会用它得先啃一本厚厚的说明书。不过，我们的目的不在于研究软件本身，只要能用到其中我们需要的重要功能即可。

其中查询、OCR 的功能都在表面，只要右键就能实现，不需要特别学习和说明。

DEVONthink 可以对在电脑中存放的文件进行 index，也就是说，不需要移动自己硬盘里的东西，只要将它托管给 DEVONthink 就好。而在托管之先需要在头脑中有自己的体系构造。 我将自己的 DEVONthink 数据库分为以下四个部分：inbox，图书馆，笔记系统，文件存档区。

inbox 就是收件箱，它是一个资料的暂时存放地。

• 首先包括新到的资料。而资料的来源有很多。中文英文资料大多能找到电子资源下载，日文书籍除了前文所述的国立国会图书馆下载之外，只能自己动手扫描，可以用扫描仪，或者 Scanner Pro，白描等手机软件进行这一步操作。我个人用的是 ScanSnap，在应用界面的设置里可以将其与 DEVONthink 进行绑定，那么新扫描好的文件就会自动导入 DEVONthink，并且自动进行 OCR。当然其他工具扫描好的资料也可以扔进 inbox 后，再手动进行 OCR 扫描。然后打上标签，进行分类（进入借阅站 Dropbox 的近期待读列表？日后阅读？姑且存档？）。
• 其次，经过第一遍阅读的 pdf 需要一个待整理区，而它的来源常常是借阅站读完的书籍。因此我在 Dropbox 里建立了一个「读完」的文件夹，将它 index 到 DEVONthink 的 inbox 中，只要将读完的书上传或移动到这个文件夹，就能实现管理。

图书馆

由于在 DEVONthink 中检索十分方便，不需要进行真正的图书馆式编码，我只是将书籍分为未读和已读（这部分我放在文件夹「books」中）和借阅站。其中借阅站就是 Dropbox 的一个文件夹（我叫它「待读列表」），将它 index 到图书馆系统下即可。

（注：这一步其实可以与 zotero 等专业的文献管理工具一同使用。但我不喜欢 zotero 层层叠叠的文件夹，因此文件都放在 DEVONthink 中管理，在 zotero 中附加了 DEVONthink 的 item link。）

笔记系统

下文中会具体说明，我使用的笔记工具是 Obsidian，它的优点之一就是笔记全部保存在本地，也就意味着可以方便地 index 到 Devonthink 中（我的笔记文件夹就简单的叫「notes」）。之所以将笔记系统也放进来，是因为在进行查询时也希望看到自己的笔记。

文件存档区

电脑中必然会积攒各种事务性文件，我将它们按照年份分类都 index 到这个区域，方便查询。

接下来是对材料进行第一遍阅读→在 PDF 上 highlight

这一步就各有偏好了。在电脑上进行阅读其实最基础的 preview 阅读器就可以完成。但是以阅读为生命，追求高效的博士怎么能就此止步呢？根据不同的阅读场景、阅读材料的性质长度等可能适当选用不同的阅读器。我常用的有以下几种。

Marginnote 3

• 使用平台：Macbook，iPad，在 App store 购买
• 优点：可以直接将 highlight 标记的部分自动摘录出成为笔记，还能以卡片的方式呈现图谱，方便用思维导读的方式梳理结构，每一条摘录会自动生成原文链接。读完书后只要将一旁的笔记导出就可以省去第二次阅读和整理的大量工作。
• 缺点：书籍导出不便，读完后的文件管理不能进行统一化。书籍也可以导出成 Marginnote 的文件格式存入 DEVONthink ，但是效果不太好，因为在 DEVONthink 中不能直接预览，必须用 Marginnote 才能打开。
• 使用场景：由于其中也有翻译和字典的功能，我常在 marginnote 中读逻辑结构清晰，但块头较大的英文文献。

tips：

• 笔记的导出可以先转化成 mmap 导图模式，再用 mindnode 转化导出为 markdown 模式。
• 如果没有 devonthink 也不想用 devonthink，那么直接用 marginnote 作为书籍管理器也可。

Liquidtext

• 使用平台：Macbook，iPad，在 App store 购买
• 优点：和 marginnote 一样是边读边摘录的工具，名副其实的流动性文字，喜欢手写方式涂涂画画的很合适（手写笔迹也十分惊艳）。
• 缺点：扫描版的竖排版书籍 OCR 之后也很难拽出文字来，而且拖拽出来的的笔记卡片没有 url 链接。
• 使用场景：阅读短的文献很合适，尤其适合数篇类似的文献一起对照阅读。

PDF Experts

• 使用平台：Macbook，iPad，在 App store 购买
• 优点：多平台共通。可以和 Dropbox 关联，做完标记的 pdf 会自动同步回 Dropbox，文件不需要手动删除更新。
• 缺点：没有自动的原文链接，需要先存回 DEVONthink 里，在接下来的第二次阅读整理中进行手动连接。

电纸书阅读器：Boox note 2/ Sony digtal paper

• 优点：对眼睛好
• 缺点：两者自然都没有页面链接功能，因此都是导回 DEVONthink 后再用 DEVONthink 中的页面链接做笔记。

Boox 是 Android 平台，可以下载 Dropbox 的 app，导书很方便（注：我从借阅站下载书籍时会在下载好后删除借阅站里的原文件，看完后再导回 Dropbox 的「读完」文件。）此外，pdf 之外的各种电子书基本上都能看。但是，highlight 不太方便。我直接用红笔划线。

Sony digtal paper 是封闭系统，只能看 PDF，但是利用自带软件关联云盘也可以做到自动同步，类似于 PDF Experts。优点是 highlight 方便，但是扫描书即使 highlight 了，也做不到漂亮地导出 highlight 部分的文字版。

笔记：第二遍到第 n 遍阅读

Obsidian

2020 年火了一批具有双向链接功能、markdown 语法的卡片式笔记软件，譬如 Roam Research 或者 Notion，而我选择的是 Obsidian。Obisidian 完全免费，笔记都保存在本地，功能强大，而且有一个很棒的社区开发人员不断更新迭代，开发了各种好用的插件。可以完全实现我的笔记系统构想。哦，对了，Obsidian 的下载也要去 官网 。

关于卡片式笔记的方法和原理，网上已经有不少文章和视频进行介绍。想要对这个方法进行系统了解，则不得不看  Sönke Ahrens 的 How to Take Smart Notes One Simple Technique to Boost Writing, Learning and Thinking - For Students, Academics and Nonfiction Book Writers 这本书。书的标题又俗又长，但内容绝对是值得一看，我的笔记探索之路就是来自于这本书的启发。

回到软件本身，markdown 语法其实掌握起来十分简单，随着 obsidian 软件会一同下载下来帮助文件，其中介绍了基本的语法。对我来说最重要的就是 url 的链接（语法是 [内容](url)）来链接 pdf 的页面，以及笔记之间的页面链接（[[笔记名称]]）。有了它们就可以实现笔记和原文之间的跳转，笔记之间的跳转。值得一提的是，DEVONthink 为每一个文件，乃至 pdf 中的每一个页面生成一个 url，只要在页面上右键复制 url 链接并粘贴到笔记中，就完成了原文的链接引用。因此我们需要的就是从 DEVONthink 里打开已经读完第一遍的 pdf，同时打开 Obsidian 在其中做笔记。我称之为第二遍阅读和整理。

第二遍阅读只要读第一遍标注好的 highlight，并在其基础上整理读书笔记即可。做笔记时要注意以下几点：

• 要标记书籍的引用信息和页码。
• 笔记尽量用自己的话进行总结，梳理出书中的逻辑结构，最好加上页码。如果有自己的想法则，用不同的颜色进行标注，以示区分。重点部分添加页面链接。（注：在 markdown 的笔记软件中也可以通过编程语言给文字换颜色。但文科生的我很少用 code，所以借用了 code 的语法（``）对自己的话进行标注。）
• 注：marginnote 3 里如果笔记整理的好，这里可以直接导出用就行。

第三遍阅读：可以在日后进行，重读第二遍阅读后做出来的笔记，在笔记上再次高亮重点部分，在原文笔记上方进行自己的总结和 comments。至此形成一篇完整的读书笔记。而且这个过程可以视文章的重要程度不断重复 n 遍。这也符合所谓的「渐进式总结」原理。（→ 何谓渐进式总结：Progressive Summarization ）

第二遍到第 n 遍的笔记过程中形成的自己的新的想法如果可以扩展成一个新的笔记，则新建一个笔记链接到该笔记中，形成一个自己的永久笔记（permanent note）。

当笔记越攒越多之后。为了方便找到自己的笔记，可以自己制作参考目录。也就是新建成一个页面，在页面中链接相关的读书笔记或者永久笔记作为入口。

Obsidian 还会帮我们形成所有笔记的地图。譬如说这个就是我目前的地图。

写作

笔记攒的足够多，想法足够成熟，这时就可以开始动笔写东西了。短段文章随便在哪里写都可以，譬如现在你看到的这篇文章，我就是在 obsidian 中直接写的。但如果是很长的文章或者结构复杂的文章，我们就需要更加称手的工具。

Scrivener

有不少人是 ulysses 的粉丝，但是它每月的订阅者直接劝退了我。所以在这个问题上，我还是选择了一次付费终身使用的写作软件 Scrivener。

Scrivener 有三种显示模式。文本视图，大纲视图和卡片视图。一篇长的文本可以从中间的任意节点进行拆分，将文件拆成两个，三个甚至更多。写作时也可以将事先在 Obsidian 中写好的卡片式笔记复制到 Scrivener 中用卡片视图来调整它们的结构，然后切换到文本视图进行写作，如果需要改动大纲则调到大纲模式进行增加，删除，拖拽，修改。也就是说在写作时可以从任意的节点开始来写一篇文章。

由于我的写作也还在进行的过程中，因此不敢说分享经验。如果有一天我完成了博士论文，再来进进行详细分享。

一些思索

在摸索构建自己的知识管理系统时，我也参考了不少书籍、文章和视频。其中有不少是在一些具体的软件和具体的功能上进行介绍的作品，这些作品也确实能给我提供很多启发。但如果沉迷于软件的研究，往往会舍本逐末。我自己也在这个过程中犯了这个错误，浪费了不少时间。其实工具本身不是坏的，重要的是使用工具的人是否有一套好的方法论来支撑这些，这篇文章里确实花篇幅介绍很多软件，但重要的不是一定要用这些软件，而是构建出一套完整的工作流体系来帮助自己更好的思考。

日本在 60 年代就有卡片式方法论的提出，论述这一方法的梅棹忠夫认为，人们常把知的创造与有固定程序、标准化的商业、技术分开，有鄙视后者的倾向（「知的生産の技術」、岩波新書 722、1969 年，p.94）。但是技术不仅仅是术。人们从新的思维模式出发，开发出便利的新工具，而后，一些工具的诞生反之会引起文化变革，改变人的思考样式、生活样式的契机（梅棹，p.130）

笔记书、整理术乃至发想创造术，它的意义应该在于对整体性程序逻辑的改善，而一旦改变了底层逻辑，同样的方法和工具就可以运用于各个领域，从这种意义上才可成为方法性的 revolution。反过来说，一切不涉及底层逻辑革新的所谓「方法论」，最终会流向肤浅化的工具论。这也是在摸索方法中的我所需要自勉的。

总结

本文从个人经验出发，分析了在我的研究过程中出现的文献阅读，资料管理，笔记整理，论文写作这几个方面的痛点和难点。设想了一个理想的工作流程。并选取了一些代表型的软件来实现这一设想。其中最核心的软件是管理软件 devonthink 和笔记软件 obsidian。

我本人也一直在摸索和实践的过程中，希望我的经验写出来，对你有所帮助。如果你有好的提议和建议，也欢迎留言，我们来一起探讨，共同进步。祝福每一个在写作的文科博士都能早日完成大作。

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