Recentemente tive que criar um e-CPF A1 e descobri que dá para assinar PDFs com ele usando o Linux.

O e-CPF foi emitido por uma empresa chamada AC CONSULTI BRASIL RFB (www.acconsultibrasil.com.br) que infelizmente só tem o software pra Windows pra gerar o e-CPF. Então tive que instalar uma máquina virtual com Windows só para poder gerar o e-CPF, lamentável!
A RFB deveria exigir que as empresas que emitem e-CPF tenham versões para Windows, Linux, Mac, Android e iOS.

Ela vai gerar um arquivo com uma extensão .pfx que é um conteiner “pkcs12” contendo a chave privada e o certificado.

Felizmente você pode usar este arquivo .pfx no Linux para assinar PDFs, basta baixar o “Portable Signer” deste site: http://portablesigner.sourceforge.net/

Rode e comando:

$ java -jar PortableSigner.jar

Ele é bem simples de usar, apenas escolha o arquivo PDF que vc quer assinar, escolha o seu .pfx e se quiser deixar visível que está certificado marque a opção: Append signature block.